이번 각 교단의 총회를 뒤덮은 최대 이슈는 바로 동성애 문제였다. 

교계에서 가장 영향력이 큰 교단인 예장 통합과 예장 합동 총회를 비롯해 예장 대신， 합신， 고신， 기독교한국침례회 등의 교단이 동성애자 혹은 동성애 지지자들을 규제하는 헌법 및 규칙 개정을 단행하면서 강경한 대응을 해 일반 사회에서도 이 결정에 대한 관심을 보이고 있다.

이러한 범교단적 반동성애 결정 배경에는 올해 교계의 보수 지도자들을 중심으로 동성애에 대한 대규모 조직적인 반대운동 기조가 형성됐고， 각 교단의 총회를 앞둔 6월말부터는 한국교회 8개 교단 이단대책위원회가 모여 퀴어신학으로 논란을 빚고 있는 한국기독교장로회 임보라 목사(섬돌향린교회)에 대한 이단성 조사에 공조하기로 하는 등 동성애에 대한 강한 반대 분위기가 형성된 측면이 있었다.

예장 통합(총회장:최기학)이 이번 102회 총회에서 "차별금지법을 가장한 동성혼 합법화 반대와 군형법 92조의 6 폐지를 반대하는 총회 성명서를 발표하고， 반대 서명운동을 해 달라"는 안건을 통과시킨 것은 물론， 성경에 위배되는 동성애자는 (교단 소속) 7개 신학대 입학을 불허하고， 동성애를 옹호하거나 가르치는 교직원은 징계위원회에 회부하고 조처하는 내용의 안을 통과시켰다. 여기에 헌법에 "동성애자 및 동성애를 지지하고 옹호하는 자는 성경의 가르침에 위배되며 동성애자 및 동성애를 지지하고 옹호하는 자는 교회의 직원 및 신학대학교 교수， 교직원이 될 수 없다"는 내용을 신설 삽입키로 했다.

예장 합동(총회장:전계헌)은 '동성애자와 본교단의 교리에 위배되는 이단에 속한 자가 요청하는 집례를 거부하고 교회에서 추방할 수 있다'는 조항을 헌법에 삽입했다. 예장 통합과 마찬가지로 동성애자와 동성애 옹호자는 산하 신학교 입학을 금지시켰으며， 또한 동성애 신학을 지지하거나 가르치는 교직원도 고용할 수 없게 했다. 여기서 더 나아가 동성애자가 산하 신학교에 입학하거나 동성애 지지자가 임용된 사실이 적발될 경우 학교 상벌위나 총회에서 징계하는 안을 통과시켰다.

예장 대신(총회장:유충국)은 '동성애 동성혼 개헌에 대한 우리의 입장'과 '군형법 92조의 6에 대한 우리의 입장' 성명서를 통과시키며， 개정헌법에 성평등 조항 신설을 반대하고， 양성평등에 기반한 사회를 만들 것과 그동안 동성애를 옹호 조장한 국가인권위원회를 헌법기관화 하는 것에 반대했다. 아울러 군형법 92조 6항의 존치를 요청했다.

예장 합신(총회장:박삼열) 또한 교단 산하 목사나 장로가 동성애를 지지하거나 옹호할 경우 면직ㆍ출교하도록 했으며， 산하 교회에 동성애에 대한 바른 정보를 제공하고 노회 및 지교회에 강의 및 홍보자료를 배포키로 했다. 

예장 고신(총회장:김상석)은 동성애 관련 신학 가이드라인을 제공하기 위해 고신대 신대원 교수들이 1년간 연구해 총회에 제출하는 안건을 통과시켰다. 또한， 지난 8월25일에는 '동성애ㆍ동성혼 합법화 반대 성명'을 내고 반대 서명운동도 진행했다. 
기독교한국침례회(총회장:안희묵) 또한 차별금지법을 가장한 동성혼 합법화에 대한 반대결의를 통과시키고， '동성혼 합법화와 군형법 92조 6 폐지'에 반대하는 100만인 서명운동 전개에 동참키로 했다.

상대적으로 동성애 문제에 관대해왔던 한국기독교장로회(총회장:윤세관)는 '성소수자 교인 목회를 위한 연구위원회 구성과 활동'을 요청한 헌의가 받아들여지지 않았다. 

한편， 각 교단의 동성애 관련 결정 중 임보라 목사에 대한 결의도 눈에 띈다. 예장 합동은 '참여금지'를 결의했고， 예장 고신은 교회 및 목회자와 성도들의 참여를 일절 금지키로 했으며， 예장 합신은 이단적 사상이 있다고 결의했다.
그러나 교단 총회들의 동성애 관련 강경대응에 대한 반대 급부로 성소수자를 향한 혐오와 배제가 지나치다며 반대하는 목소리도 적지 않다.

예장 통합 총회가 끝난 다음날인 지난 9월 22일 장신대 총학생회는 교계에서 가장 먼저 성명서 발표를 통해 교단 총회의 동성애 관련 결의에 대해 심각한 우려를 표명했다. 성명서에서는 교회의 소수자 배척과 혐오 및 신학교에서의 자유로운 학문적 토론의 위축을 우려하며， 교회가 혐오와 배제를 막아내는 보루가 되어줄 것과 후배들이 자유롭고 진지한 진리 탐구의 길을 걸어갈 수 있도록 해달라고 호소했다.

'일하는 예수회'， '예장 농민목회자협의회'， '교회개혁 예장목회자연대'， '건강한 교회를 위한 목회자협의회' 등 4개 단체에서도 지난 9월 27일 '102회 동성애 관련 총회 결정에 대한 긴급 제안서'를 발표했다. 이 제안서에서는 이번 총회의 반동성애 관련 결정이 목회와 선교， 의료와 법률적인 차원에서 문제가 없는 지를 꼼꼼하게 살펴봐야 한다고 지적하고， 해당 전문가들과 신학교 교수 목회자들로 구성된 연구위원회로 하여금 동성애 문제의 연구와 담론회를 시작해 달라고 총회에 요청했다. 또한， 앞으로 규제형의 사안은 반드시 해당 위원회의 연구와 보고로 국한하여 총대들이 자유로운 찬반토론을 할 수 있도록 보장한 후 그 후에 규칙부가 관련된 법안을 마련해 다시 총회에서 총대들이 심의하고 최종 결정할 수 있도록 해줄 것을 요청했다.

지난 9월28일에는 한국여성신학회와 한국여신학자협의회가 중심이 되어 '한국교회의 동성애 혐오를 경계하다' 제하의 긴급좌담회를 한국기독교회관에서 열고， 각 교단이 성소수자를 향한 혐오정치를 펼치고 있다고 지적하고 깊은 유감을 표명했다. 아울러 40여개의 단체 이름으로 '교회(대한예수교장로회 총회)의 동성애와 동성결혼 합법화 반대에 대한 여성신학자들의 입장'을 발표， 성소수자의 존엄과 인권을 존중할 것을 요청하고， 동성애자들에 대한 차별을 반대하는 뜻을 명확히 했다.