진보교육감이라고 해서 무조건 기독교학교들에게 위험요소가 될 것이라는 판단은 지양해야 한다는 지적이 제기됐다. 하지만 기존의 자사고를 일반고로 전환하려는 시도에 대해선 교육현장의 반대의견이 무척 큰 것으로 나타났다.

　'새로운 교육감의 교육정책과 기독교학교 교육'을 주제로 지난 18일 한국교회백주년기념관에서 열린 정책세미나에서 '기독교학교 교육의 관점에서 본 새 교육감들의 교육정책에 대한 평가'를 중심으로 발제한 기독교학교교육연구소 연구2실장 이종철 목사는 "교육에 대한 성경의 가르침과 하나님의 뜻은 때론 보수의 논리에 가깝고 때론 진보의 논리에 가깝다"면서, "특정 정치적 진영의 논리를 성경의 가르침과 하나님의 뜻으로 받아들이는 듯한 태도는 옳지 않다"고 밝혔다. 이어 "무엇이 우리 교육을 향한 하나님의 뜻이고 계획인지, 겸손하고 진지한 태도로 살피는 것이 온당하다"면서, "그런 점에서 '보수 교육감'은 기독교학교 교육에 유익하고, '진보 교육감'은 기독교학교 교육에 위험요소가 된다고 판단하지 않아야 한다"고 덧붙였다.

　이종철 목사는 신임 교육감들에게도 '교육을 좌우로 흔들어서는 안된다'고 요청했다. 그는 "이념에 따리 핑퐁게임 하듯 교육을 좌우로 왔다갔다 흔드는 것의 피해는 학교 현장과 학생들이 그대로 지게 된다"면서, "당선된 교육감들도 '좋은 교육엔 진보와 보수가 없다'는 마음으로, 반대 진영의 논리라고 무조건 폄하하거나 훼손하려고만 하지 말고 소통하며 함께 좋은 교육을 만들어 달라"고 당부했다.

　이어 '서울시 교육의 예상되는 변화와 기독교학교 교육'을 주제로 발제한 입사기운동 정병오 공동대표도 "포괄적인 기독교적 입장에서 진보교육감들의 정책을 평가하고 비판하고 대안을 제시하며 흐름을 타려는 노력이 우선되어져야 한다"면서, "진보교육감들이 학교를 행정 중심이 아닌 교육 중심으로 바꾸고 학교의 자율성을 높이려는 노력, 교육계의 각종 부패를 추방하려는 노력, 소외된 계층에 대한 교육 지원 강화, 지역사회와 학교를 연계하려는 노력, 학생의 인권과 자치를 강화하려는 노력 등은 기독교 세계관의 입장에서 볼 때도 매우 중요한 가치이며 흐름인 만큼 기독교학교들도 적극 협력하면서 이런 정책에 기독교적 생명력을 불어넣는 노력을 병행해야 한다"고 조언했다.

　한편 진보교육감들의 공동공약의 핵심인 자사고 폐지에 대한 반대의견도 강하게 제기됐다. '자율형 사립고와 종교교육'을 주제로 발제한 대광고 김철경 교장은 "법적 근거없이 자사고를 무조건 일반고 또는 서울형 혁신학교로 강제 전환시키기 위해서 진보교육감들이 여론몰이를 하고 있다"고 비판하고 "진보교육감들이 추진하려는 혁신학교는 수평적 관리로서 평교사들이 운영에 참여하게 되며, 학교설립 목적과 다르게 매우 위험한 결과를 초래할 것"이라고 우려했다. 특히 "혁신학교는 일반고와 비슷해지기 때문에 기독교 종교 교육이 어렵게 된다"면서, "신임 교육감은 '일반고 미션학교'로 전환해 달라"고 주문하면서, "일반고 미션학교로서 제대로 된 기독교 교육을 하기 위해서는 회피제도를 도입해야 하고 교과 편성에도 자율권을 부여해야 한다"고 지적하면서 자사고 폐지 정책에 대해 강한 우려를 나타냈다.