예수교장로회 조선총회 제1회로부터 제96회 총회에 이르기까지 중요한 총회의 역사를 간략히 소개하면，1924년 피어선성경학교에서 남선교회전국연합회와 청년회전국연합회의 전신인 기독청년면려회 조선연합회가 조직됐으며 1934년 조선예수교장로회 선교 50주년 희년축하기념예배를 드렸다. 1938년 제27회 총회에서는 신사참배를 결의한데 이어 1945년 일제의 강압에 의해 조선예수교장로회는 일본기독교 조선교단에 통합되는 수난을 겪었다.
　
이듬해인 1946년에는 본보의 전신인 기독교공보가 창간됐고 1954년 사회복지법인인 대한예수교장로회 총회 자선사업재단이 설립됐다. 1958년에는 서울 영락교회에서 남선교회전국연합회의 전신인 장년면려회가 조직됐으며 이듬해인 1959년 제44회 총회에서 대한예수교장로회총회 합동측이 분립돼 본격적인 교단 분열의 분기점이 됐다. 1961년 현 총회 연금재단의 전신인 총회은급금운용위원회가 설립됐으며 1973년에 대한예수교장로회 총회 유지재단이 설립됐다.
　
1984년 9월 20일 서울 잠실실내체육관에서 한국교회1백주년기념대회를 개최한데 이어 1992년 총회창립1백주년 교세배가운동계획인 '1만교회，4백만 신도운동'을 채택했다. 1995년 총회에서 여성안수를 결의한데 이어 이듬해에 본교단에서 첫 여성 장로가 안수를 받았다. 2004년 미자립교회 교역자 생활비 평준화사업(교회자립화)을 실시하기로 결의했다. 이어 2007년 한국교회 대부흥1백주년기념대회를 개최했으며 이듬해인 2008년에 예장 3백만성도운동을 결의했다. 같은 해 총회에서 장로 부총회장 제도가 신설돼 오늘에 이르고 있다.