새 정부의 정부개편안에서 여성가족부와 보건복지부의 통폐합설이 거론되자 이를 둘러싸고 교계여성들이 불편한 입장을 드러냈다.

한국기독교교회협의회 양성평등위원회(위원장:유근숙)는 지난 11일 '여성가족부 개편논의에 대한 기독여성 입장'을 발표하고 "오히려 여성 전담부서가 강화되어야 할 때에 타 부처에 통폐합 되는 것은 시대에 역행하는 행위"라며 강력히 반발하고 나섰다. 또한 대한YWCA연합회(회장:박은경)는 이명박 대통령 당선인과 대통령 인수위원회에게 "성평등 가치를 실현하는 정책을 만들라"는 촉구문을 지난 9일 발표했다.

교회협 양성평등위원회는 "과거 여성부가 여성가족부로 개편한지 채 3년도 지나지 않았는데 또 다시 개편논의가 진행된다는 것에 개탄을 금할 수 없다"면서 "통폐합은 여성， 아동， 가족 관련 정책을 성인지적 관점에서 발전해 온 현 사회를 후퇴시키는 결과를 초래할 수 있다"고 주장했다. 이어서 교회협은 "낮은 자를 위해 오신 예수의 사랑 실천이 오늘날 차기 정부가 본받아야 할 가치"라며 "기독여성들은 여성의 주체성 을 찾기 위한 노력에 함께할 것"이라고 덧붙였다.

대한YWCA연합회는 여성가족부 출범 이후 거두어낸 △호주제 폐지 △성매매방지특별법 시행 △육아휴직제 확대 등 성평등 정책 기능이 통합 정책 속에서 약화될 수도 있다는 점을 우려했다. YWCA는 "UNDP(국제연합개발계획)가 발표한 여성권한 척도에 따르면 세계 93개국 중 우리나라는 64위에 불과하다"면서 "여성가족부의 기능을 강화시켜 가사 육아의 과중한 노동과 경제활동 사이에서 이중 삼중고를 겪고 있는 취약계층 여성들을 위한 정책이 강구돼야 할 것"이라고 강조했다.