총회 기구개혁에 따라 기존의 전도부와 군선교부 그리고 농어촌부 등 3개 부서의 업무를 통합적으로 운영하게 된 국내선교부(부장:우제돈 총무:진방주)는 금회기 신임 총무의 인준과 함께 뚜렷한 정책적 방향과 현장의 다양한 과제들을 조화시켜 나가기 위해 주력했다고 할 수 있다.

국내 선교부는 금회기 역점적으로 추진했던 업무는 크게 △정책 총회로의 전환과 사업 노회 육성 △다원화된 사회 속에서의 효율적인 전도 수행 등 두 가지 틀로 구분해 볼 수 있다. 이러한 바탕 위에서 특히 총회의 장기적 정책 과제로 설정한 생명살리기 운동을 실천하기 위한 구체적인 연구와 정책 수립도 금회기 중 지속적으로 진행됐다.

특히 정책 총회로서의 체질 개선을 위한 노력으로 사업노회의 주체들과 연석회의를 비롯해, 지역별 선교정책 수립과 발굴을 위한 협의회를 부산과 제주 목포 지역 등을 중심으로 시범적으로 실시한 바 있다. 또한 회기말인 지난 7월에는 선교정책협의회를 개최, 금회기에 대한 종합적인 보고와 내회기 역점 과제들에 대한 토의를 가진 바 있다.

또한 다원 사회 속에서 선교의 전문화와 특성화를 이루기 위해 영역별 전문위원회를 조직, 워크숍을 통해 선교 현황에 대한 파악과 함께 과제 발굴에도 힘을 쏟았다. 이러한 노력들은 단기적으로는 선교의 역량을 결집해 조직화하는 일에서부터 선교 지침을 수립하고 나아가 국내 선교신학 정립으로 이어질 예정이다. 이를 위해 제89회기 동안에만 △개척선교 △목회지원 사역 △농어촌선교 △군선교 △경찰선교 △교정선교 △병원선교 △북한이탈주민선교 △학원 청소년선교 △문화선교 △직장선교 등 다양한 영역별 워크숍 등을 진행 영역별 선교 현황에 대한 파악과 과제 발굴뿐 아니라 그간의 사역들을 정책적으로 분석하고 자료화하고, 필요한 과제들을 부각, 내회기 부서의 영역별 선교 과제로 제시하는 결실을 얻기도 했다.

지난 제89회 총회에서 선교 전문화 특성화를 위한 노회 산하 위원회 설립 건은 현재 일부 노회에서 시범적으로 실시되고 있으나, 이는 사업노회의 역량 강화와도 맞물려 있어 이 분야는 내회기에도 지속적으로 추진될 것으로 보인다. 또한 삼애학원대책과 관련해서는 괄목할 만한 성과를 거두었다. 우선 고 배민수목사 기념교회 설립은 2억 원 가량의 예산을 투입， 현 기념관 리모델링 공사 후 2006년 1월 개관 방침을 확정하고, 교회 운영에 대해서는 연세대 교목실이 주도하되 총회 또한 이 일에 참여할 수있는 방안을 모색 중이며, 정원이 축소된 다원농어촌석사과정 정원의 경우도 원상 회복을 위해 힘쓰되 다른 과정으로 전환하는 방안도 협의 중에 있다.

또한 경영 악화로 어려움을 겪어 온 예장생협 문제 또한 직원 감축등 자구책을 통해 경영정상화를 모색하고 있으며, 기금에 대해서도 매월 일정액의 상환이 이뤄지고 있고 경영정상화 이후 근본적인 운영 개선 방안도 마련해 놓은 것으로 알려졌다.

제90회 총회에서는 특히 제89회기 총회의 최대 현안 가운데 하나였던 미자립교회 교역자생활비 평준화 사업에 대한 종합적인 대안을 제시하기 위한 방안으로 총회 재정부와 함께 미자립교회 자립화 및 목회자생활비 지원대책연구위원회 구성을 청원할 것으로 알려졌다.