국내의 기독교학교는 '사립학교의 다양하고 특성있는 설립목적이 존중되도록 해야한다'는 교육기본법과 '설립정신구현을 위해 예배 등 종교행사 참여， 특정 종교과목 수강 등은 규정위반'이라는 교육청 조례의 충돌 속에 존재 자체를 위협받고 있는 실정이다.


5월 26일 열린 세미나에서 기독교학교연구소가 발표한 '기독교학교 실태 조사'에 따르면 기독교학교의 당면과제로 △기독교학교의 정체성을 확립(44.6%) △건학이념 구현(27.4%) △신앙교육의 자유(16.1%)(복수응답 수용) 등을 꼽은 것으로 나타났다.


기독교학교정상화추진위원회(위원장:이철신)가 주최한 이번 세미나는 현재 기독교학교의 현황을 진단하며 국가 주도의 교육과정 안에서 기독교학교의 교육방향을 전망하는 발표가 이어졌는데， 발제자들은 모두 "기독교학교의 문제는 사학의 자율성이 보장되지 않기 때문에 나타나는 문제로 한국의 사립학교는 준공립화돼 있다"고 지적하고， 학교경영과 수업， 상담 등 학교 내에서 이뤄지는 모든 활동이 기독교적으로 이뤄지도록 제도 개선이 시급하다"고 입을 모았다.


국내 종립계 학교의 70%가 기독교사학으로 약 310여 개가 있으며， 이중 본교단 산하의 초ㆍ중ㆍ고 기독교학교는 50개로 3만 7710명(100회 총회 보고)의 학생이 기독교정신 아래 교육받고 있다.