총회 산하 기관과 유관 기관에 대한 해석을 놓고 논란이 끊이지 않고 있다. 최근 총회 산하 기관인지 유관 기관인지에 대한 규칙 질의를 하는 등 이에 대한 공방이 이어지고 있기 때문이다. 그렇다면 총회 산하 기관과 유관 기관의 차이는 무엇인가? 어떤 경우에 총회 산하 기관이라고 하고 어떤 경우에 총회 유관 기관이라고 하는지, 다시 한번 짚어보는 것이 필요한 상황이다.

우선, 총회 산하 기관은 교단의 헌법 및 헌법시행규정, 총회 규칙, 총회 결의, 총회 지시나 총회장의 행정 명령을 지켜야 한다. 따라서 총회 산하 기관일 경우에는 임원(이사) 선임에 대해 총회로부터 간섭을 받게 된다. 예를 들면 총회 파송 임원(이사)， 대표자는 연임할 수 없고 임기가 만료된 이사가 이사 명칭을 달리해 임원(이사)를 연임할 수도 없다.　

또한 총회 기관 임원, 대표 파송 조례 제12조에 의거해 이사 임기 3년 조항을 반드시 지켜야 한다. 이와 함께 총회 산하 기관은 해 기관의 부동산 매입 및 매각과 해 기관의 정관을 변경할 경우에는 반드시 총회의 허락을 받도록 돼 있다. 총회 산하 기관인 총회 유지재단을 비롯해 총회연금재단과 한국장로교출판사 실로암시각장애인복지회 한국장로교복지재단 해양의료선교회 총회문화법인, 그리고 본보 등이다. 이와 함께 총회 산하 7개 직영 신학대학교도 여기에 포함한다.

총회 유관 기관의 경우에는 임원(이사) 선임과 정관 변경 과정을 총회에 보고하는 절차만 지켜왔다. 총회 유관 기관에서 특별한 사안이 있을 경우에는 총회에 요청해 총회 임원회의 허락으로 진행돼 왔다. 총회 산하 유관 대학인 숭실대학교를 비롯해 서울여자대학교 한남대학교 계명대학교 연세대학교 계명문화대학교 서해대학교 광주보건대학교 전주기전대학교 예수대학교 선린대학교 등이 있다.

그러나 총회 산하 기관과 유관 기관의 구별이 분명이 드러나는 절차가 있다. 총회 감사를 받느냐， 받지 않느냐의 차이다. 총회 산하 기관은 매년 2차례 상반기와 하반기에 총회 감사를 받도록 돼 있다. 이에 비해 총회 산하 유관기관은 총회 감사를 받지 않는 것이 총회 산하 기관과의 차이다.

최근 일부 기관에서 총회에 산하 기관인지 아니면 총회 유관 기관인지에 대한 질의를 한 바 있다. 이에 대해 총회 규칙부는 일부 이사를 파송하더라도 총회 산하 기관으로 봐야 한다고 해석했다.