본교단 총회가 지난 12월 19일 서울시의회 본회의에서 통과된 '서울시 학생인권조례안'에 대해 시행 반대와 재의를 요구하는 등 강력 반발하고 나섰다.
　
본교단은 최근 임시임원회를 열어 조례안의 문제점을 살펴보고 이와 관련한 성명서 발표와 함께 서울지역 교회를 대상으로 서명운동을 벌이고 있다. 본교단은 성명서를 통해 "서울시 학생인권조례안은 합리적인 검토와 의견수렴의 절차 없이 통과됐다"며 "사회 전반의 도덕적 가치와 질서에 혼란을 예고하고 있다"고 지적했다.
　

조례안은 총 51개 조항 1개 부칙으로 구성돼 있다. 여기에는 기독교학교의 선교를 억압하고 동성애와 임신ㆍ출산에 의한 차별 금지 내용 등이 담겨있어 본교단이 이를 심각한 문제로 받아들이고 있다.
　
제16조(양심ㆍ종교의 자유) 3항을 보면， "설립자ㆍ경영자， 학교의 장 및 교직원은... 특정종교를... 선전할 수 없다"고 규정해， 사실상 기독교학교에서의 예배와 선교의 자유를 침해하고 있다.
　

또한 제5조(차별받지 않을 권리)는 임신 또는 출산， 성적 지향(동성애) 등을 이유로 차별받지 않을 권리를 가진다는 내용이다. 본교단 이에 대해， "우리 사회를 건강하게 지탱시켜 온 가치관의 혼란을 초래하고 있다"는 입장이다.
　
조례안은 본회의를 통과함에 따라 3월부터 서울의 모든 초ㆍ중ㆍ고교에서 전면 시행되는 것으로 알려졌다. 이에 따라 본교단 총회는 기독교학교연합회， 기독교학교연맹， 서울시연합교목회와 연대해 교과부와 서울시교육청을 상대로 조례안의 시행 반대와 재의를 요구하고 있다.
　
만약 시의회가 재의를 하게 되면 본회의 때보다 가결 요건이 까다로워진다. 시의원 과반수 이상이 출석해야 하고， 출석 2/3 이상이 찬성해야 한다.