한국장로교총연합회(대표회장:윤희구)가 지난 16일 "학생의 참된 인권과 교권을 와해시키는 학생인권조례와 인권옹호관 제도를 반대한다"는 내용의 성명서를 발표했다. 한장총은 학생인권옹호관 제도가 교권 약화와 교사의 학생지도를 어렵게 할 것이라고 판단하고 이에 대한 반대의사를 표명한 것이다. 학생인권옹호관제에 따르면 학생이 인권을 침해당했다고 생각했을 때 학생인권옹호관에게 신고할 수 있고，옹호관은 사안을 조사해 교사나 학교에 대한 징계 등을 요구할 수 있다.
　
한장총은 특히 미션스쿨의 신앙교육이 침해받을 것이라는 우려를 표했다. 성명에서 "신앙을 바탕으로 설립한 미션스쿨에서 '특정 종교를 선전해 학생들에게 종교적 편견을 일으키는 행위를 금하도록' 해 이를 감시하는 것은 사회주의에서나 있을 수 있는 종교탄압"이라며，"이런 교육 정책은 종교의 자유를 인정한 민주주의 국가에서 결코 있을 수 없는 행위이며，최상위법인 헌법마저 부정한 명백한 위헌"이라고 주장했다.