총회 산하 7개 신학대학교 내의 연구소들은 신학 연구 활동과 함께 지역의 목회자들에게 다양한 목회 정보를 제공하는 일에도 도움을 주고 있다. 이러한 연구소들은 주로 아카데믹한 연구활동을 통해 매뉴얼을 만들어 내는데 많은 시간을 보내지만 이와 함께 다양한 프로그램을 통해 목회 정보를 제공한다. 그렇다면 목회자들은 신학대학교 내의 어떤 연구소를 통해 목회의 도움을 얻을 수 있을까?　

우선, 장로회신학대학교(총장:김명용)는 평생교육원에서 매년 전국교회 목회자를 대상으로 실시하는 여름목회자 아카데미를 통해 다양한 목회 정보를 제공하고 있다. 목회자들은 이 프로그램을 통해 시기적으로 적절한 정보를 얻을 수 있다. 또한 장신목회연구원(원장:홍인종)에서는 목회자나 선교사들이 안식년이 있을 때에 상담, 심리검사, 집단상담 등을 통해 재활할 수 있는 프로그램도 마련하고 있어 목회자들이 도움을 받을 수 있다. 설교자를 위한 발성법 등의 프로그램도 진행하고 있다.　

호남신학대학교(총장:노영상)는 농어촌 목회자들을 위한 농어촌선교연구소(소장:강성열)가 설립돼 있어 농어촌 목회자들이 농어촌 목회와 관련된 정보를 얻을 수 있을 뿐만 아니라 농어촌 목회자들의 교류를 위한 구심점의 역할도 감당하고 있다. 특히 농어촌선교연구소에선 다문화사역자 양성과정을 통해 늘어나는 다문화 가정을 돕는 일에도 앞장서고 있어 농어촌 목회자들에게는 더할나위없이 농어촌 목회에 필요한 목회 정보를 얻을 수 있다.　

실천신학에 대한 특성화를 강조해온 한일장신대학교(총장:오덕호)는 예배와 설교를 위한 청해설교클리닉센터(센터장:최영현)를 통해 그동안 목회자들을 돕는데 앞장서 왔다. 목회자들은 청해설교클리닉센터에서 운영하는 다양한 세미나와 설교 클리닉 등을 통해 실제적으로 설교를 하는데 도움을 얻을 수 있다. 그동안 청해설교클리닉센터는 인터넷 홈페이지를 통해 이와같은 다양한 활동을 펼쳐오기도 했다.　

영남신학대학교(총장:권용근)는 교육 지도자들의 계속 교육을 위해 기독교교육연구소(소장:김규식)가 설립돼 있어 목회자들이 연구소를 통해 교육목회에 많은 도움을 얻을 수 있다. 이와 함께 교수를 중심으로 지역 목회자들과 함께 설립된 목회윤리연구소(소장:김승호)에선 오늘날 목회 현장에서 접하게 되는 다양한 이슈들에 대한 목회적인 시각을 가질 수 있도록 돕고 있다.　

대전신학대학교(총장서리:김명찬)의 교회와 사회연구원은 사회선교와 문화선교 등 목회지도력을 개발하고 증진시키기 위한 연구 교육 훈련 프로그램을 운영하고 있어 목회자들에게 많은 도움을 주고 있다. 특히 목회자들은 21세기 화두가 될 수 있는 주제를 중심으로 전문가를 초청하는 세미나를 통해 목회의 폭을 넓히는데 도움을 얻을 수 있다. 또한 지난 6년간 목회자들과 함께 영성 공동체 탐방을 진행하며 목회자들의 영성훈련에도 기여해 왔을 뿐 아니라 이와 관련된 자료들도 소장하고 있다.　

한국교회 첫 출발지로 부각되고 있는 부산지역에 자리한 부산장신대학교(총장:최무열)는 지역교회사 연구와 신학교육 등 다양한 정보를 갖고 있다. 특히 부산장신대의 부산경남교회사연구소(소장:탁지일)는 지역 목회자들에게 교회의 역사와 종교개혁 등 교회사를 통해 목회 정보를 제공해 오고 있다. 무엇보다 지역교회들이 연구소를 통해 교회의 뿌리를 찾는 자부심과 또한 다양한 자료들을 통한 교인들의 교육에도 도움을 주고 있다.　

서울장신대학교(총장서리:안주훈)는 산학 프로그램의 일환으로 새세대아카데미를 운영하고 있어 목회자들에게 목회의 본질을 확립하는데 많은 도움을 주고 있다. 특히 실제적이고 다양한 목회연구와 교육프로그램을 개발해 신학생 및 목회자들의 사역을 돕고 있는 새새대아카데미는 목회자와 신학생을 위한 연례 목회 컨퍼런스를 주최할 뿐 아니라 지역 목회자를 위한 아카데미 운영 등의 사역을 펼치고 있다.