종교인 과세가 시행되면서 목회자뿐 아니라 사무원 관리집사와 같은 상시 근로자와 지휘자 반주자 음향담당자 등 파트타임 근무자에 대한 소득에도 과세가 본격적으로 시행되고 있다.

지휘ㆍ반주자와 같은 파트타임 근무자의 급여에 대해 교회는 일반 기타소득으로 그 내역을 신고해야 한다. 이는 종교인 과세가 시행되면서 기타소득 26번째 항목으로 신설된 '종교인 소득' 즉 목회자의 소득에 해당하는 기타소득과는 구별되는 것이며， 파트로 근무하는 교육 전도사의 소득은 '종교인 소득'에 해당한다.

교회는 지휘반주자에게 지급한 급여에 대해 필요경비 80%를 공제하고 남은 20%의 지급액에 대해 20%를 소득세로 원천징수해야 한다. 즉 총 지급액의 4.4%(주민세 10% 포함)를 원천징수해 다음달 10일 신고 납부해야 하며， 원천징수 반기신고를 신청한 경우 6개월 마다 이를 신고 납부할 수 있다. 즉 지난해 12월 31일까지 반기신고를 신청하지 않은 교회는 지난 1월 지휘 반주자에게 지급한 금액을 2월 10일 신고하고 이에 대한 세금을 납부해야 한다.

이러한 기타소득에 대해 건별 지급액이 25만원 이하인 경우 세금이 부과되지 않는다. 지급액이 25만원인 경우 80%인 20만원이 필요경비로 공제되고 5만원이 '기타소득금액'으로 계산되며， 기타소득금액이 5만원 이하인 경우 소득세를 과세하지 않는다.

하지만 이처럼 원천징수 의무가 없는 경우에도 교회는 원천징수 이행상황신고 및 지급명세서를 제출해야 한다. 즉 세금을 내지 않아도 신고는 해야 한다.

한편 기획재정부는 지난 1월 8일 소득세법 시행령 입법예고를 통해 기타소득의 필요경비율을 단계적으로 축소한다고 발표했다. 현재 지급액의 80%를 필요경비로 인정해주지만 오는 4월부터는 그 비율을 70%， 다음해부터는 60%만을 공제한다.

이에 따라 공제받는 비율이 낮아져 과세의 기준이 되는 '기타소득금액'이 증가하게 된다. 필요경비를 공제한 후 계산된 기타소득이 5만원 이하라면 세금을 내지 않아도 되는 것은 동일하다. 하지만 공제율 감소로 인해 세금을 내지 않아도 되는 지급액 한도(현재 25만원)는 4월부터 16만 6660원， 다음해부터 12만 5000원으로 축소된다.

또한 지휘ㆍ반주자의 경우 지급액에서 필요경비를 공제한 기타소득금액이 연 300만원 이하라면 교회에서 원천징수된 것으로 신고 및 납세 의무가 종료된다. 즉 여러 교회에서 한 해 동안 받은 지급액이 1500만원 이하라면 지휘반주자가 추가로 신고하지 않아도 된다.

이와 달리 한 해 동안 받은 지급액이 1500만원 이상이라면 지휘반주자는 다음해 5월 31일 종합소득세를 신고 납부해야 한다. 하지만 종합소득세 신고 납부에 대한 기준액인 1500만원도 필요경비율 감소에 따라 축소된다. 지휘반주자는 오는 4월부터 연 1000만원 이상， 다음해부터 750만원 이상을 지급받을 경우 종합소득세 신고를 해야 한다. 이와 같은 종합소득세 신고 여부는 5월 31일 이전 세무서에서 확인할 수 있다.