기독교학교교육연구소(소장:박상진)가 지난 8월 29일 교육부가 발표한 '의무교육단계 미취학ㆍ학업중단 학생 안전확보 및 학습 지원'에 대한 정책 발표에 대해 '획일적인 공교육 중심적 사고방식'과 '대안교육, 특히 종교계 대안교육에 대한 이해부족'을 꼬집으며, 수정ㆍ보완이 필요하다는 연구소 입장을 발표했다.

연구소 측은 "공교육 밖 학생들의 안전을 책임지기 위해 취학 의무 법령을 개선하고 학생들의 실태 및 현황을 파악해 필요한 학습을 지원하는 등 조치의 의도에 대해서는 환영하나 학습지원 프로그램 지정 대상에서 '종교교육 프로그램은 지정 불가'라고 명시한 것이 종교계 대안학교에서 이뤄지는 모든 교육 프로그램에 대한 지정 불가로 이해되서는 안된다"고 전제하고, "교육의 다양성을 보장하는 측면에서 '건강한 대안교육'의 가치를 인정하고, '대안교육'을 선택하는 부모들의 교육권을 인정하여, '공교육'과 '대안교육'이 상생하는 구조를 만드는 방향의 정책을 설정해 줄 것"을 요청했다.

특히 "'취학 의무'에 대한 현행 관련 법령을 정비할 의사를 보인 것은 매우 전향적인 변화라고 지적하고, '조건부 유예'를 신설해 그 대상에 '미인가 교육시설 등에 재학 중인 자'를 포함하고 아동의 안전 확보를 전제로 신고의무를 이행하도록 한 것은 '미인가 대안교육 시설 등록제' 논의의 연속선상에 있는 것으로 판단된다"고 전했다.

또한 "공교육 내의 종교계 사립학교에서 종교교육을 자유롭게 할 수 없는 현실에서, 많은 학부모들이 해당 종교의 가치관에 기초한 건강한 시민교육을 하기 위한 대안으로 종교계 대안학교를 선택하고 있는 현실을 정부가 부정하지 말아야 한다"며, 정부가 좀더 전향적인 '대안교육 양성화와 활성화 정책'을 마련해줄 것을 제안했다.

연구소는 현재 기독교대안학교 수를 약 270~280여 개로 추정하고 있으며, 이중 10% 가량이 특성화중고등학교를 포함한 정부인가학교인 것으로 파악하고 있다.
한편 본교단은 교단 산하 기독교대안학교 협의체 구성을 추진 중이다.