2013년 총장 선출 이후 지속적으로 내홍을 겪고 있는 대전신학대학교의 구성원들을 향해 총회장 채영남 목사가 화해를 권고하는 목회서신을 보냈다.

지난 12일 이사회, 총장, 교수협의회, 총학생회, 총동문회, 교직원 등 대전신학대학교 전체 구성원들에게 보낸 목회서신에서 채영남 목사는 "중부지역의 목회자 양성을 목적으로 설립ㆍ운영돼 온 대전신대에 최근의 학내 갈등은 학교의 미래와 존립에 심각한 우려를 낳고 있다"고 전제하고, "총장은 책임과 사명의 자리로, 교수는 존경과 스승의 자리로, 재학생은 배움의 자리로, 동문과 이사회는 학교의 발전과 밑거름의 자리로 돌아가 하나님이 기뻐하시는 선지동산을 만들어 갈 것"을 간곡히 부탁했다.

또한 채 총회장은 "모든 고소ㆍ고발과 분쟁들을 내려놓고 서로 화해하길 바란다"며, "목회자 양성이라는 학교의 존재 목적인 사명을 감당하기 위해 위기를 극복하고 생존하기 위해 서로 협력할 것"을 권고했다.

지난 6월 15일 대전신대 정교수 일동은 대전신대 목회교육원 과정에 대한 특별감사를 청원한 바 있으며, 총회 감사위원회가 지난 7월 4일 대전신대를 방문해 감사한 보고서에 따르면 학내사태 원인은 총장선거 후유증으로 반목과 불신의 골이 깊어 자체적으로 치유하기엔 어려운 상태라고 판단하고, 신학교육부에 '원로동문, 전이사장, 전총장 등 7~11인으로 구성되는 가칭 '학원정상화대책위원회'를 조직해 조속히 문제를 해결하고 학교가 정상화 될 수 있도록 지도할 것"을 주문했다.

또한 감사위원회는 현 사태에 대해 총장 및 해당교수들은 응분의 책임을 물어야 한다고 판단했으며, 목회교육원 입학 부정과 관련해 거명되는 학생(졸업생)들의 담임목회 경력사항을 신속히 해 노회 확인조사 절차를 통해 적극 해소할 것을 요구했다.