로마(천주)교회에 대해 본교단 입장이 "우리와 다른 전통을 고수하는 교회로 보아야 한다"로 정해졌다.

제99회 총회 회무 4일차인 25일 이단사이비대책위원회(위원장:임준식)가 보고한 로마(천주)교회에 대한 연구결과를 총대들이 그대로 받아들였다. 이대위는 보고를 통해 "로마교회에 대해 몇몇 노회가 이단성 여부라든가 우리교단과의 관계성을 질의해왔는데, 입장이 여러가지가 있지만 결론적으로 우리와 다른 전통을 고수하는 교회로 보자"고 연구결과를 발표했다.

그러면서도 "교리적으로 답한다면 로마교회에는 이단적인 요소가 있다고 할 수 있다. 개혁자들이 개혁하려고 했던 부패하고 이단적이었던 로마교회가 현실적으로 남아있기 때문이다"며 "그러나 로마교회가 반사회적이라거나 반윤리적인 다른 이단집단과 같다고 하기에도 무리가 있다"는 다소 애매한 결론을 내렸다.

또한 그동안 총회 결의가 없어 계속해서 문의가 있어온 몰몬교와 여호와의증인에 대해서는 '이단'으로 규정했다.

몰몬교에 대해서는 "한 개인의 신비적 체험과 환상, 그리고 신비주의적 상상력에 기초한 교리에 의존하고 있다"며 "자신들만이 참된 교회라고 주장하는 영적교만과 편협성을 가지고 있으며, 성경의 권위를 훼손하고 있으며, 유일신 신앙과 삼위일체 하나님의 참 신성을 부인하고, 조셉 스미스를 신격화하는 이단"이라고 발표했다.

여호와의증인에 대해서는 "성경을 신비적, 상징적으로 해석할 뿐 아니라 자의적으로 해석하는 심각한 성경해석 오류를 가지고 있으며, 삼위일체의 교리를 부인하고, 그리스도와 성령 하나님의 신성을 부인하며, 지옥을 부인하고 행위구원을 주장하는 즉, 기독교의 정통교리를 정면으로 부인하는 이단"이라고 결론내렸다.