1984년 미국 시카고에서 맺은 인연으로 3명의 후원자가 매월 20달러의 후원금을 송금하면서 작은자 청소년들과의 결연사업이 진행되었다. 독일 어린이 복지기구 KNH의 사업이 도시빈민지역, 농어촌, 탄광촌 교회의 어린이집을 운영하게 하고 그 어린이 집에 속한 아동들을 결연사업 형태로 지원했다면, 1984년부터 시작된 결연후원 사업은 국내서 개척한 후원자들을 통한 지교회의 청소년, 아동들과의 결연사업이었다. 1984년부터 현재까지 결연사업을 통해 전국의 2690여 명에게 장학금과 생활비가 지원됐다. 초기 수혜 대상자는 KNH 사업이 진행되는 지역을 중심으로 확대됐으나 점차 수혜 대상이 늘면서 전국으로 지원 영역을 넓혔다.

결연사업 초기에는 각 지역 교회의 목회가 추천서를 작성해 본 재단에 보냈으나 1993년 여전도회전국연합회와 병합 후 모든 행정은 지연합회를 통해 이뤄졌다. 한 단계를 더 거쳐야 하는 번거로움이 있었으나 여전도회 회원들을 통한 모금활동에는 큰 변화가 있었다. 하지만 부정적인 부분도 없지 않았다.

지역의 작은자들은 대상 소외지역 및 빈민지역의 소년소녀 가장 및 결손가정 아동 또는 부모가 있으나 부모가 역할을 하지 못해 도움이 필요한 아동으로, 경제적 도움이 필요한 아동, 경제적 어려움에 처한 장애우, 자녀가 없거나 있어도 돌보지 않아 외롭게 홀로 계신 어르신들을 선정하였다. 현재 학생들에게 전달되는 장학금은 초등학생까지 분기에 6만 원, 중학생은 9만 원, 고등학생은 15만 원과 21만 원이 지급되고 있으며, 매월 지원받는 어르신은 2만 원, 장애우는 3만 원, 학생은 생활비로 10만 원에서 30만 원까지 지원받고 있다. 지원금액은 작지만 지속적인 지원과 기도의 후원은 심리적 안정감과 본 재단과 후원자와 관심과 지지 그리고 기다림이 작은자들이 자신의 환경을 극복하고 꿈을 꿀 수 있는 힘을 갖게 하고 있다. 가장 오래동안 지원을 받은 학생은 18년 1개월, 어르신은 16년 10개월을 받았으며, 장애우는 18년 7개월이었다.

작은자 결연사업은 지역의 교회가 속한 공동체에서 어려움에 처한 청소년, 노인, 장애우들을 돌아보는 역할을 감당하는데 큰 힘이 되었으며, 사업이 전개되면서 지역사회에서 교회의 긍정적 이지지를 갖는데 큰 역할을 담당하였다. 몇 년의 시간이 지났지만 아직도 회자되는 이야기가 있다. 한 아이가 할머니와 살았는데 문제아로 낙인 찍혀 교회, 학교, 동네에서 포기한 학생이었다. 아이를 관리하고 있는 목사님 부부는 지원을 중단시켜달라고 요청했다. 여러 번의 상담을 통해 교회조차 아이를 놓아버린다면 갈 곳이 없으니 기다리며 지켜보자고 설득했다. 아이는 고등학교를 졸업하고 인사도 없이 취업한다고 고향을 떠나버렸다. 아이가 괘씸했지만 시간이 지나면서 그 아이에 대한 생각을 잃어 버렸다. 그런데 수년이 지난 어느 명절에 청년이 된 아이가 할머니의 손을 잡고 교회를 찾아와 "그 때 저를 붙잡아주고 기도해주시고, 보살펴주셨기에 오늘 자신이 있다"고 고백한 것이다.