세월호의 선사인 청해진해운의 실질적인 대표가 본교단을 비롯한 주요교단들이 이단으로 규정한 구원파 유병언이라는 보도가 속속 나오고 있어 충격을 주고 있다. 현재 검경합동수사본부는 유병언을 비롯해 회사 관계자 40여명에 대해 출국금지 조치를 취한 것으로 알려졌다. 검찰은 청해진해운에 대해 무리한 운항과 위법적 객실 증축 및 화물 과적, 승무원에 대한 안전교육 미흡과 탈세 등의 여부를 수사하고 있는 상황이다.

　유병언은 과거 한강유람선을 운영했던 주식회사 세모의 소유주이기도 했으며, 구원파의 3개 분파 중 하나를 이끌었던 권신찬의 사위로 1987년 세상을 떠들썩하게 했던 '오대양 집단변사' 사건과 관련해 검찰의 수사를 받고 1992년 징역 4년이 확정되기도 했지만 오대양 사건과의 직접적인 관계는 입증되지 않았다. 청해진해운은 건강식품 등을 판매하는 아이원아이홀딩스의 손자회사로 현재 이 회사는 유병언 전 회장의 아들 형제가 소유하고 있다.

　무엇보다 세월호 참사 직후 언론들이 유병언을 '기독교복음침례회 목사'라고 소개하면서 마치 목사가 사건의 중심에 있는 것으로 오도되고 있어 우려를 낳고 있다. 부산장신대 탁지일 교수는 "세월호의 선사가 한국교회 대부분이 이단으로 규정한 구원파 유병언과 관련있다는 사실은 이미 명확하다"면서, "유병언측 교리의 특징이 '진심으로 죄를 깨닫고 회개하면 그것으로 족하다. 따라서 반복회개가 필요없다'는 점인데 따라서 이들은 한번 회개한 뒤 저지르는 잘못된 행위를 합리화해 죄가 아니라고 생각할 가능성이 크다"고 지적했다. 탁 교수는 "이런 신념을 가진 사람들이 사업을 하다보니 도덕적 불감증이 생길 우려가 크다고 본다"고 덧붙였다.